Danke Chris,
ich habe aber doch noch folgendes gefunden:
http://msdn.microsoft.com/de-de/magazine/cc163448.aspx
Das Problem ist dabei nur (und ich denke das wäre bei der Webapp genauso, daß ich mir dachte ich verlagere meine UserControls in ein eigenes Webprojekt und deploy'e das dann in die verschiedenen Websites.
Das Problem ist aber, das der MSBuiild nun klagt, daß er Keine Applikationsdatei finden kann und deswegen nicht in den Ordner publizieren kann.....
Vielleicht gibt es da ja noch eine Lösung, daß man diesen MSBuild dazu kriegt in meine Website zu publizieren.
Im übrigen: wenn ich ganz normal "Publish" mache und dabei das Verzeichnis der Website angebe, dann klappt das, aber eben nicht mit single Assemblys ....
Ansonsten komme ich so auch zurecht.
Gruß Mansur