Mein Vorschlag:
using System.Text.RegularExpressions;
...
string inputString = "bli bla blub [[Parameter1=1;Parameter=2]] und wieder irgendwas";
string paramString, resultString;
Regex r = new Regex(@"\[\[(?<param>.*)\]\]", RegexOptions.IgnoreCase | RegexOptions.Singleline );
Match m = r.Match( inputString );
paramString = m.Groups["param"].Value;
// Hier den Inhalt von paramString prüfen und durch das Gewünschte ersetzen
resultString = Regex.Replace(inputString, @"\[\[.*\]\]", paramString, RegexOptions.Singleline | RegexOptions.IgnoreCase);